Музей, основанный в 1965 году как школьный уголок краеведения, стал филиалом Национального музея Республики Башкортостан в 1985 году.
Отдельное здание музея возвели в 1991 году по проекту архитектора Александра Клемента и под руководством Михаила Старцева, за что они получили Государственную премию Башкортостана имени Салавата Юлаева.
В 2020 году ураган повредил кровлю здания, после чего Глава республики поручил провести комплекс-ную реновацию музея, включая обновление экспозиции. Капитальный ремонт начался в апреле 2025 года.
Строители выполнили кровельные работы, обновили фасад, входную группу, заменили окна и модернизировали инженерные сети.
На данный момент ведутся отделочные работы. В следующем году планируется благоустроить прилегающую территорию. Концепция экспозиции утверждена и предусматривает её существенное обновле-ние и расширение.
Радий Хабиров подчеркнул, что музей станет современным и достойным.